"כיתות חושבות" היא שיטת הוראה השמה דגש על למידה פעילה של התלמידים דרך משימות חקר וחשיבה. בשיטה זו הבדלים רבים מהוראה מסורתית, הבולט ביותר הוא שהתלמידים אינם יושבים מאחורי שולחנות אלא עוסקים בלמידה פעילה בעמידה ליד לוחות. תפקיד המורה בכיתה עובר ממקור הידע לגורם מדריך, מכוון ומתווך במשימות השונות, והתלמידים מגיעים למסקנות בכוחות עצמם.
שיטת "כיתות חושבות" פועלת בביה"ס זו השנה השניה, בכיתות מתמטיקה בחט"ב וחט"ע, וכן בשיעורי אנגלית, מדעים, ביולוגיה ומקצועות נוספים – כולל בחינוך המיוחד.